La administración de los halcones esperó el segundo mandato de Bush, para poner en marcha su proyecto de reemplazar a la CIA por comandos y agentes secretos militares en las operaciones encubiertas en el exterior.

De esta manera, y mediante decretos presidenciales que pasan sobre disposiciones del Congreso, grupos secretos de comandos y unidades de fuerzas especiales comenzaron a realizar operaciones encubiertas contra objetivos sospechados de terroristas en no menos de diez naciones en el Oriente Medio y Asia del Sur, marginando de esas misiones a la División de Operaciones Paramilitares de la CIA. (Ver: Los planes para reemplazar a la CIA por la inteligencia militar ).

Según el Post la dimisión del coronel George Waldroup se produjo tras ser público que el Departamento de Defensa desarrollaba operaciones y utilizaba métodos clandestinos propios de la CIA, lo cual generó interrogantes en el Congreso.

Fuentes en Washington señalaron como jefes políticos de la operación de subordinación de la CIA y de la inteligencia civil al Pentágono, al Vicepresidente Dick Cheney y al secretario de Defensa Donald Rumnsfeld, jefes del grupo neoconservador, quienes hicieron lobby para que Bush firmara una serie de resoluciones y decretos presidenciales que habilitan la participación de comandos militares en operaciones encubiertas.

Con la nuevas reglas, Rumsfeld y el general Stephen Cambone, Subsecretario de Defensa para Inteligencia, podrán enviar desde el Pentágono a los llamados " equipos de acción " en aquellos países señalados como "terroristas", o como "protectores de terroristas", caso de Irán y de Siria,  incluidos en la lista de países que Condoleezza Rice, la flamante secretaria de Estado norteamericano, calificó como "tiranías" defensoras del terrorismo, en la cual también incluyó a Cuba, Bielorrusia, Irán, Myanmar (ex Birmania), Corea del Norte y Zimbabwe. (Ver: El combate contra las "tiranías del mundo", etapa superior de la "guerra contraterrorista" ).

En enero último, el propio The Washington Post difundió  que la SSB había sido organizada de manera secreta dos años atrás, para poner fin a la dependencia que tenía el secretario de Defensa Donald Rumsfeld de la información aportada por la CIA.

Diseñada para actuar en operaciones encubiertas, la SSB despliega para cumplir sus misiones pequeños grupos de trabajo, integrados por oficiales de caso, interrogadores, traductores y personal técnico, señala el diario.

De acuerdo con el Post, la renuncia de Waldroup se produjo en los primeros días de este mes, tras los debates que han tenido lugar en los comités de inteligencia del Senado y la Cámara de Representantes, por el accionar encubierto del Pentágono en áreas que no son de su competencia.

No obstante, oficiales de alto rango alegan que el militar era miembro de la Reserva y que pasó a la vida civil por concluir su período de movilización, señala el Post.

En las discusiones, varios congresistas cuestionaron al subsecretario para asuntos de Inteligencia del Pentágono, Stephen A. Cambone, por la articulación operativa de la SSB, con el empleo incluso de fondos no autorizados para ese fin por el Capitolio.

Los legisladores preguntaron sobre qué base legal el Departamento de Defensa había destinado personal para ejecutar operaciones encuadradas dentro de la  "rutina" y las "acciones tradicionales" de la CIA, sin la debida notificación al Congreso y a sus comisiones respectivas.

Diputados republicanos, citados por el Post en condición de anonimato señalaron que el general retirado Cambone no contestó con claridad algunas de las preguntas sobre el sustento funcional legal de la SSB.

Incluso, aseguró una de las fuentes del diario, todo indica que Rumsfeld y sus asesores apresuran la recolección de datos secretos en ultramar antes de que se produzca el nombramiento del Director Nacional de Inteligencia, un cargo creado por el Congreso en diciembre.

Un memorando enviado a Rumsfeld por el jefe del Estado Mayor Conjunto, general Richard Myers, reveló que la vista del espionaje militar está dirigida, además de a Irán y Corea del Norte, a Somalia, Yemen, Indonesia, Filipinas y Georgia, entre otros países que fueron señalados por la secretaria de Estado, Condoleezza Rice como "terroristas" o protectores de terroristas.

A fines de 2004 el Congreso aprobó una polémica reforma de los servicios de inteligencia estadounidenses, a pedido de la comisión que investigó si fue posible evitar los atentados del 11 de septiembre de 2000, la cual lanzó duras críticas a la CIA.

Después de una intensa presión de la Casa Blanca y del Pentágono, el Congreso aprobó finalmente un proyecto que redujo el poder del nuevo director, aduciendo facultades del Secretario de Defensa para mantener sus "responsabilidades estatutarias". Esto es, mantuvo vigente el control del 80% del presupuesto al Pentágono.